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covid19:covid19-recherche [2020/05/10 16:04] – Grégory Gutierezcovid19:covid19-recherche [2023/08/04 03:04] (Version actuelle) – Grégory Gutierez
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-===== Progression de la recherche et suivi de la pandémie =====+Cette page fait partie du dossier [[covid19:intro]], dans lequel six thématiques sont abordées : 
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 +====== Covid-19 : progression de la recherche et suivi de la pandémie ======
  
 Le SARS-CoV2 est le coronavirus responsable de la maladie dite COVID-19 (ce terme désigne en fait les symptômes issus de la présence du SARS-CoV2 dans l'organisme). Ce "nouveau" virus est apparu fin novembre 2019 en Chine, dans la région de Wuhan, sans doute transmis depuis les chauve-souris vers les pangolins, puis vers l'homme. Le marché aux fruits de mer et animaux vivants de Wuhan a sans doute été le site de la première contamination. Le SARS-CoV2 est le coronavirus responsable de la maladie dite COVID-19 (ce terme désigne en fait les symptômes issus de la présence du SARS-CoV2 dans l'organisme). Ce "nouveau" virus est apparu fin novembre 2019 en Chine, dans la région de Wuhan, sans doute transmis depuis les chauve-souris vers les pangolins, puis vers l'homme. Le marché aux fruits de mer et animaux vivants de Wuhan a sans doute été le site de la première contamination.
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-==== Monitoring de la pandémie ====+===== Monitoring de la pandémie =====
  
 Pour suivre l'évolution de la pandémie, l'université John Hopkins aux Etats-Unis a ouvert depuis début janvier [[https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6|une page qui suit l'épidémie chaque jour]], c'est une excellente ressource pour se rendre compte notamment du nombre de personnes contaminées, du nombre de décès mais aussi du nombre de personnes guéries. Le samedi 28 mars à 15h, **615 519 cas confirmés** dans le monde, **135 735 personnes guéries** et **28 717 morts** (soit 4,6 % de mortalité). Pour suivre l'évolution de la pandémie, l'université John Hopkins aux Etats-Unis a ouvert depuis début janvier [[https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6|une page qui suit l'épidémie chaque jour]], c'est une excellente ressource pour se rendre compte notamment du nombre de personnes contaminées, du nombre de décès mais aussi du nombre de personnes guéries. Le samedi 28 mars à 15h, **615 519 cas confirmés** dans le monde, **135 735 personnes guéries** et **28 717 morts** (soit 4,6 % de mortalité).
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 {{ :ecolopol:200420-bing-covid19-tracker.png?400 |}} {{ :ecolopol:200420-bing-covid19-tracker.png?400 |}}
  
-==== Quel est taux de mortalité du SARS-CoV-2 ? ====+===== Quel est taux de mortalité du SARS-CoV-2 ? =====
  
 D'après les Centers for Desease Control (CDC) américains, à peu près l'équivalent des Agences Régionales de Santé (ARS) en France, au 19 avril, il y aurait déjà au moins 742 000 personnes touchées par le SARS-CoV-2 aux Etats-Unis, dont 39 600 personnes qui en sont mortes, soit un taux de mortalité de 5% (à titre de comparaison, la grippe saisonnière a un taux de mortalité de 0,1 %) (source : [[https://www.memorandumdaily.com/2020/04/coronavirus-has-now-killed-more-people.html|Coronavirus Has Now Killed More People in US than 2018-2019 Flu Season]]).  D'après les Centers for Desease Control (CDC) américains, à peu près l'équivalent des Agences Régionales de Santé (ARS) en France, au 19 avril, il y aurait déjà au moins 742 000 personnes touchées par le SARS-CoV-2 aux Etats-Unis, dont 39 600 personnes qui en sont mortes, soit un taux de mortalité de 5% (à titre de comparaison, la grippe saisonnière a un taux de mortalité de 0,1 %) (source : [[https://www.memorandumdaily.com/2020/04/coronavirus-has-now-killed-more-people.html|Coronavirus Has Now Killed More People in US than 2018-2019 Flu Season]]). 
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 ^ Données issues de la page de monitoring France Info ^^^^^^ ^ Données issues de la page de monitoring France Info ^^^^^^
-^Date^Cas confirmés^Hospitalisations^Réanimations^Retours domicile^Décès hôpital^Décès EHPAD^Total décès^% décès parmi recensés^+^Date^Cas confirmés^Hospitalisations en cours^Réanimations en cours^Retours domicile^Décès hôpital^Décès EHPAD^Total décès^% décès parmi les cas recensés^ 
 +|10 mai|138 854|22 614|2 812|56 038|16 573|9 737|26 310|18,9%|
 |21 avril|117 324|30 106|5 433|39 181|12 900|7 896|20 796|17,7%| |21 avril|117 324|30 106|5 433|39 181|12 900|7 896|20 796|17,7%|
 |16 avril|108 847|31 305|6 248|32 812|11 060|6 860|17 920|16,5%| |16 avril|108 847|31 305|6 248|32 812|11 060|6 860|17 920|16,5%|
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 Le 26 avril, un syndicat de médecins généralistes, MG France, publie un sondage réalisé parmi les médecins de ville (voir [[https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/covid-19-le-syndicat-mg-france-estime-qu-il-y-a-9-000-morts-de-plus-qui-ne-sont-pas-encore-comptes_3935731.html|Covid-19 : le syndicat de médecins MG France estime qu'il y a 9 000 morts de plus, qui ne sont pas encore comptés]]. En extrapolant leurs réponses, le syndicat conclue qu'il y aurait au moins 9 000 décès supplémentaires, à date : toutes les personnes contaminées qui sont mortes des suites du virus chez eux et pas en hôpital : //"Jacques Battistoni insiste particulièrement sur le fait que ces chiffres ne sont pas cachés par les autorités, ils ne peuvent simplement "pas être pris en compte, ils ne sont pas mesurés. Il faudrait demander à chaque médecin généraliste de faire un recueil et de le renvoyer au ministère de la Santé. Cela n'a pas été organisé. Je pense que dans les autres pays d'Europe, c'est la même chose, on ne mesure pas de façon fine les patients décédés en ville".// Le 26 avril, un syndicat de médecins généralistes, MG France, publie un sondage réalisé parmi les médecins de ville (voir [[https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/covid-19-le-syndicat-mg-france-estime-qu-il-y-a-9-000-morts-de-plus-qui-ne-sont-pas-encore-comptes_3935731.html|Covid-19 : le syndicat de médecins MG France estime qu'il y a 9 000 morts de plus, qui ne sont pas encore comptés]]. En extrapolant leurs réponses, le syndicat conclue qu'il y aurait au moins 9 000 décès supplémentaires, à date : toutes les personnes contaminées qui sont mortes des suites du virus chez eux et pas en hôpital : //"Jacques Battistoni insiste particulièrement sur le fait que ces chiffres ne sont pas cachés par les autorités, ils ne peuvent simplement "pas être pris en compte, ils ne sont pas mesurés. Il faudrait demander à chaque médecin généraliste de faire un recueil et de le renvoyer au ministère de la Santé. Cela n'a pas été organisé. Je pense que dans les autres pays d'Europe, c'est la même chose, on ne mesure pas de façon fine les patients décédés en ville".//
-==== Quels sont les symptômes du SARS-CoV-2 ? ====+ 
 +===== Quels sont les symptômes du Covid-19 ? ===== 
 + 
 +Selon le site de l'OMS ([[https://www.who.int/fr/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/advice-for-public/q-a-coronaviruses#:~:text=symptomes|Maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : questions-réponses]]), les principaux symptômes sont les suivants :  
 + 
 +  * Symptômes les plus fréquents: 
 +    * fièvre 
 +    * toux sèche 
 +    * fatigue 
 + 
 +  * Symptômes moins fréquents: 
 +    * courbatures 
 +    * maux de gorge 
 +    * diarrhée 
 +    * conjonctivite 
 +    * maux de tête 
 +    * perte de l’odorat ou du goût 
 +    * éruption cutanée, ou décoloration des doigts ou des orteils 
 + 
 +  * Symptômes graves: 
 +    * difficultés à respirer ou essoufflement 
 +    * sensation d’oppression ou douleur au niveau de la poitrine 
 +    * perte d’élocution ou de motricité 
 + 
 +Le délai qui s’écoule entre l’exposition au virus de la COVID-19 et l’apparition des symptômes est habituellement de cinq à six jours, mais il peut aller d’un à 14 jours.
  
 {{ youtube>9rgJOBHwTkM?small}}A quoi ressemblent des poumons d'une personne infectée par le virus ? Le Georges Washington University Hospital a publié le 4 avril 2020 [[https://www.gwhospital.com/resources/podcasts/covid19-vr-technology|un article sur l'utilisation de la réalité virtuelle pour illustrer l'action du virus]]. Ci-joint illustration des poumons d'un patient de 59 ans en bonne condition physique, qui a dû être branché à un ventilateur pour l'aider à respirer, mais aussi à une machine pour oxygéner son sang. {{ youtube>9rgJOBHwTkM?small}}A quoi ressemblent des poumons d'une personne infectée par le virus ? Le Georges Washington University Hospital a publié le 4 avril 2020 [[https://www.gwhospital.com/resources/podcasts/covid19-vr-technology|un article sur l'utilisation de la réalité virtuelle pour illustrer l'action du virus]]. Ci-joint illustration des poumons d'un patient de 59 ans en bonne condition physique, qui a dû être branché à un ventilateur pour l'aider à respirer, mais aussi à une machine pour oxygéner son sang.
  
-==== Quelques vidéos et articles pour comprendre la situation ====+Une forme longue de la maladie semble se manifester, plusieurs cas sont recensés en France et en Angleterre notamment, avec par exemple ce témoignage : //"Le phénomène a été constaté dans d'autres pays. Au Royaume-Uni, le professeur Paul Garner, spécialiste des maladies infectieuses, a notamment raconté sur son blog les 7 semaines passées à lutter contre le Covid-19. Sept semaines "effroyablement longues", qu'il compare à des "montagnes russes", faites d'émotions extrêmes et d'une immense fatigue."// ([[https://www.franceinter.fr/societe/apresj20-apresj60-sur-les-reseaux-sociaux-des-malades-font-etat-de-forme-longue-du-covid|#apresJ20 #apresJ60 : sur les réseaux sociaux, des malades font état de formes longues du Covid]], France Inter, 18 mai 2020). 
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 +===== Quelques articles pour comprendre la situation =====
  
 Ci-dessous, quelques ressources qui abordent de manière générale et documentée la situation actuelle : origine du coronavirus, histoire de la lutte contre les maladies infectieuses, réflexion sur notre relation dysfonctionnelle à la nature et aux espèces animales...  Ci-dessous, quelques ressources qui abordent de manière générale et documentée la situation actuelle : origine du coronavirus, histoire de la lutte contre les maladies infectieuses, réflexion sur notre relation dysfonctionnelle à la nature et aux espèces animales... 
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 +^[[https://www.nytimes.com/2020/11/02/world/who-china-coronavirus.html|In hunt of Coronavirus, W.H.O. let China take charge]]^New York Times^03/11/20^
 +|In late January, Dr. Gao co-wrote one of the earliest epidemiological studies about the virus. The study highlights the market’s links to the outbreak. But a close look at the data reveals something significant: Four of the first five coronavirus patients had no clear links to the market. They had apparently been infected elsewhere.|||
  
 ^[[https://lejournal.cnrs.fr/articles/lhumanite-a-toujours-vecu-avec-les-virus|« L’humanité a toujours vécu avec les virus »]]^Le Journal du CNRS^17/04/20^ ^[[https://lejournal.cnrs.fr/articles/lhumanite-a-toujours-vecu-avec-les-virus|« L’humanité a toujours vécu avec les virus »]]^Le Journal du CNRS^17/04/20^
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 |Autrement dit, la stratégie d’atténuation [concurrente de celle du confinement] suppose non seulement des millions de morts pour un pays comme les États-Unis ou le Royaume-Uni, mais elle mise également sur le fait que le virus ne mute pas trop — ce qu‘il fait déjà. Il a donc toutes les occasions de muter. Alors, une fois que nous en finirons avec quelques millions de morts, nous pourrions nous attendre à quelques millions de plus — chaque année . Ce coronavirus pourrait devenir un fait récurrent de la vie, comme la grippe, mais maintes fois plus meurtrier. Résumé : Si nous mettons en place des mesures fermes contre le coronavirus dès aujourd’hui, elles ne devraient durer que quelques semaines. Il n’y aura vraisemblablement pas de pic d’infections par la suite. Nous pouvons faire tout cela à un coût raisonnable pour la société et sauver des millions de vies du même coup.||| |Autrement dit, la stratégie d’atténuation [concurrente de celle du confinement] suppose non seulement des millions de morts pour un pays comme les États-Unis ou le Royaume-Uni, mais elle mise également sur le fait que le virus ne mute pas trop — ce qu‘il fait déjà. Il a donc toutes les occasions de muter. Alors, une fois que nous en finirons avec quelques millions de morts, nous pourrions nous attendre à quelques millions de plus — chaque année . Ce coronavirus pourrait devenir un fait récurrent de la vie, comme la grippe, mais maintes fois plus meurtrier. Résumé : Si nous mettons en place des mesures fermes contre le coronavirus dès aujourd’hui, elles ne devraient durer que quelques semaines. Il n’y aura vraisemblablement pas de pic d’infections par la suite. Nous pouvons faire tout cela à un coût raisonnable pour la société et sauver des millions de vies du même coup.|||
  
-===== Revue de presse thématique =====+====== Revue de presse thématique ====== 
 +^[[https://reporterre.net/Mounting-evidence-suggests-mink-farms-in-China-could-be-the-cradle-of-Covid-19-22020|Mounting evidence suggests mink farms in China could be the cradle of Covid-19]]^Reporterre^14/01/21^ 
 +|It is staggering that a year after the start of the last century’s worst pandemic, no progress has been made in understanding how Sars-CoV-2 jumped from bats — its natural host — to humans. This uncertainty is not due to the limits of science, but to the attitude of the Chinese authorities, who for a year have adamantly opposed any independent inquiry — even inside the country — to find the answer. The question is what does China have to hide ?||| 
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 +^[[https://theconversation.com/covid-19-si-on-offre-au-coronavirus-de-nouvelles-occasions-de-super-propagation-il-les-saisira-142302|Covid-19 : « Si on offre au coronavirus de nouvelles occasions de “super-propagation”, il les saisira »]]^The Conversation^03/07/20^ 
 +|Concernant les effets du confinement, on voit bien la différence avec la situation dans les pays qui n’ont pas pris ces mesures, alors que l’épidémie devenait hors de contrôle, comme les États-Unis par exemple. De nombreux États ont nié la réalité et n’ont pas fait ce qu’il fallait pour briser les chaînes de transmission. La circulation y est restée quasi-permanente. La situation là-bas, qui se dégrade, illustre a posteriori que, arrivé à un certain point, il n’y a pas d’autre solution que le confinement pour contenir l’épidémie. On peut s’en passer uniquement si on arrive à ne pas se laisser déborder, parce qu’on surveille attentivement, qu’on met en place des tests très tôt, qu’on prend des mesures de quarantaine et qu’on respecte les mesures barrières (distanciation physique, lavage régulier des mains, port du masque)… Si à un moment on se laisse déborder, c’est terminé.||| 
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 +^[[https://www.franceinter.fr/societe/coronavirus-des-etudes-alertent-sur-la-contagiosite-des-cas-asymptomatiques|Coronavirus : des études alertent sur la contagiosité avant l'apparition des symptômes]]^France Inter^08/07/20^ 
 +|Pas de toux, de maux de tête ou de fièvre. Aucun signe qui puisse indiquer qu'une personne est contaminée, et pourtant la moitié des transmissions a lieu deux à trois jours avant l'apparition des premiers signes. C'est ce que l'on appelle la phase présymptômatique. Santé Publique France a établi une synthèse de plusieurs études qui vont toutes dans ce sens, en Corée, à Singapour ou encore en Italie.|||
  
 ^[[https://www.huffingtonpost.fr/entry/pourquoi-na-t-on-jamais-trouve-de-vaccin-contre-les-coronavirus_fr_5eb4112dc5b646b73d28d436|Pourquoi n'a-t-on jamais trouvé de vaccin contre les coronavirus humains]]^Huffington Post^08/05/20^ ^[[https://www.huffingtonpost.fr/entry/pourquoi-na-t-on-jamais-trouve-de-vaccin-contre-les-coronavirus_fr_5eb4112dc5b646b73d28d436|Pourquoi n'a-t-on jamais trouvé de vaccin contre les coronavirus humains]]^Huffington Post^08/05/20^
-|Tous ces obstacles dressés encore sur la route d’un traitement efficace contre les coronavirus, et aujourd’hui encore sars-cov-2, peuvent donc se résumer grossièrement à deux facteurs: le temps et l’investissement. Les précédents syndromes respiratoires aigus ont été combattus avec succès avant qu’un vaccin n’ait été trouvé, et les recherches ont été interrompues. Désormais, c’est le problème inverse qui se pose: la recherche d’un vaccin bat son plein, mais le temps manque pour effectuer les études préalables qui permettent normalement de mieux connaître le virus, afin le combattre le plus efficacement possible. |||+|Tous ces obstacles dressés encore sur la route d’un traitement efficace contre les coronavirus, et aujourd’hui encore sars-cov-2, peuvent donc se résumer grossièrement à deux facteurs: le temps et l’investissement. Les précédents syndromes respiratoires aigus ont été combattus avec succès avant qu’un vaccin n’ait été trouvé, et les recherches ont été interrompues. Désormais, c’est le problème inverse qui se pose: la recherche d’un vaccin bat son plein, mais le temps manque pour effectuer les études préalables qui permettent normalement de mieux connaître le virus, afin le combattre le plus efficacement possible.|||
  
 ^[[https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/05/07/coronavirus-l-essai-clinique-discovery-englue-faute-de-cooperation-europeenne_6038909_3244.html|Coronavirus : l’essai clinique Discovery englué faute de coopération européenne]]^Le Monde^07/05/20^ ^[[https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/05/07/coronavirus-l-essai-clinique-discovery-englue-faute-de-cooperation-europeenne_6038909_3244.html|Coronavirus : l’essai clinique Discovery englué faute de coopération européenne]]^Le Monde^07/05/20^