Le SARS-CoV2 est le coronavirus responsable de la maladie dite COVID-19 (ce terme désigne en fait les symptômes issus de la présence du SARS-CoV2 dans l'organisme). Ce “nouveau” virus est apparu fin novembre 2019 en Chine, dans la région de Wuhan, sans doute transmis depuis les chauve-souris vers les pangolins, puis vers l'homme. Le marché aux fruits de mer et animaux vivants de Wuhan a sans doute été le site de la première contamination.

Le National Institute of Allergy and Infectious Deseases aux Etats-Unis a publié courant mars, sur son compte Flickr, une série de photographies à microscope életronique de ce virus.

Pour suivre l'évolution de la pandémie, l'université John Hopkins aux Etats-Unis a ouvert depuis début janvier une page qui suit l'épidémie chaque jour, c'est une excellente ressource pour se rendre compte notamment du nombre de personnes contaminées, du nombre de décès mais aussi du nombre de personnes guéries. Le samedi 28 mars à 15h, 615 519 cas confirmés dans le monde, 135 735 personnes guéries et 28 717 morts (soit 4,6 % de mortalité).

Le moteur de recherche Bing de Microsoft a aussi ouvert une page de suivi de la pandémie, le Covid-19 Tracker, avec par exemple la situation au jour le jour en France, depuis cette page : https://www.bing.com/covid/local/france

Au 20 avril, selon ces données, il y a 112 806 personnes touchées en France, dont 56 310 personnes qui sont actuellement prises en charge à l'hôpîtal en France, 36 578 personnes qui ont guéri et 19 718 décès.

D'après les Centers for Desease Control (CDC) américains, à peu près l'équivalent des Agences Régionales de Santé (ARS) en France, au 19 avril, il y aurait déjà au moins 742 000 personnes touchées par le SARS-CoV-2 aux Etats-Unis, dont 39 600 personnes qui en sont mortes, soit un taux de mortalité de 5% (à titre de comparaison, la grippe saisonnière a un taux de mortalité de 0,1 %) (source : Coronavirus Has Now Killed More People in US than 2018-2019 Flu Season).

Un article du Time, The WHO Estimated COVID-19 Mortality at 3.4%. That Doesn't Tell the Whole Story, propose plusieurs données et graphiques sur la mortalité du SARS-CoV-2, avec deux informations importantes (chiffres au 9 mars 2020) :

1. Le taux de mortalité est plus proche de celui de la grippe saisonnière que des autres épidémies de coronavirus de ces dernières années, mais tout en restant beaucoup plus élevé que pour la grippe (3,4% pour le SARS-CoV-2, 0,1% pour la grippe saisonnière).
2. Mais ce taux de mortalité change énormément d'un pays à l'autre : 0,61 % de morts en Corée du Sud, 1,78 % en France, 5,3 % aux USA…

Visiblement, c'est la politique de santé publique qui change tout : plus le système de santé national organise des tests à grande échelle et dès les premiers cas recensés (c'est le cas en Corée du Sud), et moins le virus va faire de victimes, puisque les premiers atteints vont être confinés et que leurs proches vont être testés aussi).

Selon cet article de Sortir à Paris (2 avril 2020), “le virus Covid-19 touche 939.949 cas confirmés et a fait au total 47.522 morts dans le monde”, soit environ 5 % de mortalité.

Pour la France, depuis le 27 mars, l'INSEE publie le nombre de décès quotidiens par département : “Exceptionnellement, pendant la pandémie du covid-19, l’Insee diffuse le nombre de décès par jour et par département. Les décès sont enregistrés au lieu de l’évènement (et non au lieu de résidence). Les statistiques diffusées sont provisoires (se référer à la note méthodologique) et seront actualisés toutes les semaines.”

Depuis le 2 avril, France Info a mis en place une page de monitoring de la pandémie, bourrée de graphiques et courbes et mise à jour quotidiennement. Si l'on en croit les chiffres mentionnés pour le 4 avril, le taux de mortalité serait de 8 % actuellement en France (68 805 cas recensés pour 5 532 décès en hôpital). Et encore, il ne s'agit que des décès recensés à l'hôpital, alors qu'au moins 2 000 autres décès sont signalés dans les EHPAD selon 20 Minutes (article du 4 avril 2020). Mais attention, cela ne veut pas dire que le taux de mortalité serait plus grand en réalité, car il y a aussi nombre de personnes contaminées, qui subissent le virus chez elles, sans nécessité d'être hospitalisées, et s'en sortent bien après une semaine à dix jours à subir les différents symptômes (fièvre, toux sèche, frissons, rhume carabiné, épuisement général…).

Selon une pré-publication de l'Institut Pasteur publiée le 21 avril, environ 5,7 % de la population française sera contaminée d'ici le début du déconfinement, programmé le 11 mai, soit 3 700 000 personnes. Mais la marge d'erreur est assez élevée, le nombre d'infectés varie entre 2 300 000 personnes et 6 700 000 personnes. Avec de tels chiffres, il est certain que l'immunité collective ne pourra pas être atteinte, et donc une deuxième vague du virus est à craindre après le déconfinement.

Le Conseil Scientifique a d'abord “pris acte” de la décision du gouvernement, dans une note datée du 20 avril, puis a émis des préconisations sur la rentrée des classes du 11 mai, dans une deuxième note, publiée le 24 avril. note_enfants_ecoles_environnements_familiaux_24_avri_2020.pdf

Parmi les préconisations : organiser les repas des enfants dans les classes plutôt qu'à la cantine, aménager l'accueil et le départ de manière à éviter les attroupements de parents et d'enfants devant les écoles, bionettoyage de l'établissement scolaire plusieurs fois par jour, etc.

Cette note du 24 avril précise aussi (c'est le Conseil Scientifique qui souligne en gras) : “Il n’y a pas eu d’épidémie documentée dans les crèches, écoles, collèges, lycées ou universités à ce jour, en l’état des connaissances actuelles, sauf une dans un lycée en France où le virus a touché 38% des lycéens, 43% des enseignants, et 59% des personnels travaillant dans l’établissement scolaire (Crépy-en-Valois). Le taux de transmission secondaire intra-familial était de 11% vers les parents et de 10% vers les frères et sœurs, similaire à celui documenté par Bi et al. à Shenzen en Chine. (…) Le Conseil scientifique est favorable à ce que le principe de volontariat et de non obligation de la part des familles soit retenu, avec la possibilité d’une poursuite de l’enseignement à distance.”

Le 26 avril, un syndicat de médecins généralistes, MG France, publie un sondage réalisé parmi les médecins de ville (voir Covid-19 : le syndicat de médecins MG France estime qu'il y a 9 000 morts de plus, qui ne sont pas encore comptés. En extrapolant leurs réponses, le syndicat conclue qu'il y aurait au moins 9 000 décès supplémentaires, à date : toutes les personnes contaminées qui sont mortes des suites du virus chez eux et pas en hôpital : “Jacques Battistoni insiste particulièrement sur le fait que ces chiffres ne sont pas cachés par les autorités, ils ne peuvent simplement “pas être pris en compte, ils ne sont pas mesurés. Il faudrait demander à chaque médecin généraliste de faire un recueil et de le renvoyer au ministère de la Santé. Cela n'a pas été organisé. Je pense que dans les autres pays d'Europe, c'est la même chose, on ne mesure pas de façon fine les patients décédés en ville”.

9rgJOBHwTkMA quoi ressemblent des poumons d'une personne infectée par le virus ? Le Georges Washington University Hospital a publié le 4 avril 2020 un article sur l'utilisation de la réalité virtuelle pour illustrer l'action du virus. Ci-joint illustration des poumons d'un patient de 59 ans en bonne condition physique, qui a dû être branché à un ventilateur pour l'aider à respirer, mais aussi à une machine pour oxygéner son sang.

Ci-dessous, quelques ressources qui abordent de manière générale et documentée la situation actuelle : origine du coronavirus, histoire de la lutte contre les maladies infectieuses, réflexion sur notre relation dysfonctionnelle à la nature et aux espèces animales…